Město Havlíčkův Brod je zřizovatelem níže uvedených základních škol:
- Základní škola Havlíčkův Brod, V Sadech, www.zssady.cz
- Základní škola Havlíčkův Brod, Štáflova, www.zsstaflova.cz
- Základní škola Havlíčkův Brod, Nuselská, www.zsnuselska.cz
- Základní škola a Mateřská škola Havlíčkův Brod Konečná, www.skolakonecna.cz
- Základní škola a Mateřská škola Havlíčkův Brod Wolkerova, www.zswolkerova.cz
Ve městě působí i další základní školy:
- Základní a Praktická škola Havlíčkův Brod, U Tojice, www.zsutrojice.cz - zřizovatelem je Kraj Vysočina
- Základní škola EQ, www.zs-eq.cz - zřizovatelem je zapsaný spolek - Rodiče pro moderní vzdělávání